Die Geschichte von Gersau geht bis ins Mittelalter zurück, als die Gemeinde als unabhängiges Territorium gegründet wurde. Die genauen Ursprünge von Gersau sind jedoch unklar, da es nur wenige schriftliche Aufzeichnungen aus dieser Zeit gibt.
Es wird vermutet, dass Gersau im 12. Jahrhundert. oder 13. Jahrhundert gegründet wurde. Zu dieser Zeit war die Region von den Habsburgern kontrolliert, die die Gebiete entlang des Vierwaldstättersees beherrschten. Die Gründung von Gersau wird oft dem Schwyzer Landammann Heinrich von Hünenberg zugeschrieben, der angeblich den Siedlungskern von Gersau auf einer Insel im Vierwaldstättersee errichtet haben soll. Andere Quellen besagen jedoch, dass Gersau bereits vor der Zeit von Heinrich von Hünenberg existierte und dass die Gemeinde von Fischerfamilien gegründet wurde, die am Seeufer lebten.
Im Jahr 1291 schlossen sich die Kantone Uri, Schwyz und Unterwalden zur Schweizerischen Eidgenossenschaft zusammen, um ihre Unabhängigkeit gegenüber den Habsburgern zu verteidigen. Gersau blieb jedoch unabhängig und wurde zu einem Freistaat innerhalb der Eidgenossenschaft. Im Jahr 1359 erhielt Gersau von Kaiser Karl IV. die Bestätigung seiner Unabhängigkeit und wurde damit ein freier Ort.
Gersau blieb im Laufe der Jahrhunderte eine unabhängige Gemeinde und hatte sogar eine eigene Verfassung. Die Gemeinde war auch ein wichtiger Handelsplatz und hatte eine florierende Wirtschaft.
Im Jahr 1798 wurden die Freistaaten in der Schweiz durch die französische Besetzung abgeschafft und Gersau wurde ein Teil des Kantons Schwyz. Die Gemeinde behielt jedoch ihre Unabhängigkeit und ihre eigene Verwaltung. Im 19. Jahrhundert wurde Gersau zu einem beliebten Urlaubsziel für wohlhabende Reisende, die die malerische Landschaft und die herrliche Lage am Vierwaldstättersee genossen.
Während des Zweiten Weltkriegs wurde Gersau zum Flüchtlingslager für jüdische Flüchtlinge aus Deutschland.
In den Jahren nach dem Krieg wurde die Gemeinde zu einem wichtigen Zentrum für die Entwicklung des Tourismus in der Schweiz.